Sekolah Menengah Kebangsaan Taman Mutiara Rini 2, Johor Bahru merupakan sekolah menengah yang kedua ditubuhkan dalam taman perumahan yang bernama Taman Mutiara Rini.
Sekolah ini dibina di atas Lot PTD 81965 seluas 9.63 ekar oleh sebuah Syarikat Swasta iaitu Maju Holdings SDN BHD, Kuala Lumpur dan direka bentuk oleh Arkitek Rekabina Sdn Bhd Johor Bahru. Sekolah ini telah di bina berdasarkan konsep “Design and Build”.
Kerja-kerja asas pembinaan telah bermula pada 27 April 2001 dan disiapkan pada September 2002. Manakala jalan laluan bertar masuk sekolah disiapkan pada Januari 2004.
Bangunan Sekolah Menengah Kebangsaan Taman Mutiara Rini 2, Johor Bahru terdiri daripada 5 blok iaitu Blok Pentadbiran, Blok Akademik, Blok Makmal dan Bengkel, Surau dan Kantin.
Penyerahan pengoperasian Sekolah Menengah Kebangsaan Taman Mutiara Rini 2, Johor Bahru telah diadakan pada 1 Jun 2004. Sebelum mula beroperasi, Sekolah Menengah Kebangsaan Taman Mutiara Rini 2, Johor Bahru telah menumpang di Sekolah Kebangsaan Taman Mutiara Rini , Johor Bahru mulai 16 Januari 2004 hingga 31 Mei 2004. Pengetua Sekolah Kebangsaan Taman Mutiara Rini, Puan Hajah Siti Raudah Binti Moh, merupakan Pengetua Pembimbing sekolah ini. Majlis Penyerahan Plak Pengoperasian Sekolah Baru bersama dengan Perasmian Pembukaan Sekolah Menengah Kebangsaan Taman Mutiara Rini 2, Johor Bahru telah dilaksanakan pada 14 Jun 2004 oleh Encik Kassim Bin Mahadi.
Puan Chen Ing Joo telah dilantik sebagai Pengetua sekolah ini pada 1 Januari 2004. Manakala Penolong Kanan, Encik Taufik bin Hamzah, Penolong Kanan Hal Ehwal Murid, Encik Tey Nyok Sun dan Penolong Kanan Kokurikulum, Pn. Letchumy a/p Munusamy melapor diri pada akhir bulan Mac 2004. Seramai 9 orang guru telah melapor diri sebelum sekolah memulakan pengoperasian. Sesi pembelajaran di sekolah ini bermula dengan bilangan tenaga pengajar seramai 13 orang dan jumlah pelajar seramai 281 orang. Pengagihan pelajar bermula dengan kelas 1 kelas Tingkatan Peralihan, 5 kelas Tingkatan Satu dan 4 Kelas Tingkatan Dua.
Sejarah pentadbiran Sekolah Menengah Kebangsaan Taman Mutiara Rini 2 diteruskan pula oleh pengetua-pengetua yang lain. Pentadbiran sekolah ini telah diterajui oleh pengetua-pengetua seperti berikut :